Die Geheimhaltungsmaßnahmen rund um Area 51, dieser militärisch genutzten Anlage und die unzweifelhafte Verbindung zu geheimer Flugzeugforschung, zusammen mit Berichten über unübliche Phänomene, machen die Area 51 zu einem zentralen Bestandteil moderner UFO- und Verschwörungstheorien.
Zu den besonderen – unkonventionellen Aktivitäten, die angeblich auf der Area 51 stattfinden sollen, gehören: Die Lagerung, Untersuchung und Analyse abgestürzter außerirdischer Raumschiffe wie das Material des 1947 bei Roswell abgestürzten UFOs,
die Untersuchung der jeweiligen (toten oder lebenden) Besatzungen – Ausserirdische, und die Herstellung von Flugzeugen, die als Grundlage außerirdische Technologie haben.

In der Area 51 vermuten einige Verschwörungstheoretiker Treffen und geheime Gespräche mit extraterrestrischen Lebensformen.
Ein Weiteres Gerücht besagt die Entwicklung exotischer Energiewaffen für die Strategic Defense Initiative und andere Anwendungen, wie z.B. Wetterkontrolle zur Kriegsführung.

Weitere Aktivitäten in Verbindung mit der Schattenregierung der Welt durch die Illuminaten und andere Geheimbünde.

Die Verschwörungstheoretiker der Mondlandung vermuten geheime Filmstudios, in denen die Bilder von den Apollo-Landungen auf dem Mond gedreht worden sein sollen.

Eine weitere Verschwörungstheorie besagt, das in der Area 51 extrem gute Computer entwickelt [SuperComputer, HAL9000, etc] werden. Hier wird häufig ein Zusammenhang mit der Area 51 Computer Handels GmbH in Deutschland hergestellt, dies wurde bisher jedoch in keinem Fall offiziell bestätigt.

Es gibt Gerüchte, dass nur für den Zweck um Untersuchungen an einer angeblichen Alientechnologie beziehungsweise von Aliens selber am Groom Lake oder am nahen Papoose Lake eine große unterirdische Anlage gebaut worden sei.
Einen Beweis für diese Annahme gibt es jedoch – natürlich – nicht. Einer der Berichte darüber ist der des ehemaligen Area 51 Mitarbeiters und Physikers Robert Lazar, in dem er beschreibt, dort den Antrieb eines außerirdischen Raumschiffes untersucht zu haben.
Es gibt Beweise dafür, dass er in der Tat an einem geheimen Militärprojekt gearbeitet hat.

Das Pilgerziel vieler Verschwörungstheoretiker und UFOlogen ist das der Area 51 nahe gelegene Dorf Rachel. Eine kleine Kneipe dort, das Little A’Le’Inn, mit Bildern von UFO-Sichtungen an den Wänden und einem gehörigen Stapel zum Thema passenden Lesestoffs, lädt Reisende zur Rast ein. Auch Essen und Übernachtungen werden angeboten. Einige Besucher hatten dort sogar ihre ganz eigene Begegnung der besonderen Art, in Form von unüblichen Lichterscheinungen entlang des durch den Ort laufenden Highways 375, der mittlerweile auch offiziell Extraterrestrial Highway heißt.
In den meisten Fällen ließen sich diese Erscheinungen jedoch auf Kampfjets der nahegelegenen Nellis AFB zurückführen, die entlang des Highways Zielübungen durchführten.